江東区は大部分が江戸時代以降の埋立てで形成されています。また埋立てと並行していくつもの水路が開削され、その結果江東区の産業や文化に大きな影響を与えてきました。そのような歴史の中で、寛文元（1661）年に、江戸を出入りする船を取り締まるために小名木川の隅田川口に置かれていた「深川口人改之御番所」が、中川・小名木川・船堀川の交差する中川口に移転し「中川番所」となりました。
中川番所があった場所については現在の江東区大島９丁目１番地と推定されていましたが、平成7（1995）年の発掘調査において柱材や礎石などが出土したことにより、中川番所跡であることがほぼ確定しました。 中川船番所資料館は、この番所跡地より北に50メートルほど離れた場所に建てられています。

資料館の基本的な性格は以下の通りです。

平成７年の発掘調査により所在が確認された中川番所を、区民が郷土の歴史にしたしみ、身近に感じる手がかりとする。 　また、江東区は、平成12（2000）年7月に特定非営利活動法人東京釣具博物館（常見保彦館長）から、和竿など釣具等の所蔵品5000点以上もの寄贈を受けました。資料館ではこれらの資料の展示も行っています。
江東区の歴史を見ると、享保年間に刊行された釣りの本「何羨録（かせんろく）」には江東区近辺の釣り場が詳細に案内されており、船番所近くはキス、タナゴ、ハゼなどの釣りの名所であったことが記されており、釣りとの関係をうかがうこともできるのです。